Aby stworzyć efektywny program zajęć muzykoterapii, staramy się wziąć pod uwagę wiele różnych czynników. Przede wszystkim dopasowujemy charakter i formę zajęć do indywidualnych potrzeb i preferencji dziecka. Nie istnieje żaden uniwersalny program zajęć muzykoterapii, odpowiedni dla wszystkich dzieci. Dobieramy odpowiednie instrumenty, rodzaje muzyki i zabawy muzyczne tak, aby program zajęć współgrał z programem edukacyjnym naszych uczniów, na przykład nawiązując do niego tematyką i stanowiąc jego uzupełnienie. Pracujemy na instrumentach perkusyjnych, klawiszowych i strunowych. Zajęcia wykorzystują elementy metody ruchu rozwijającego Weroniki Sherborne, rytmikę, instrumentalistykę, metodę werbo – tonalną, instrumentarium Orffa, oraz elementy terapii sensorycznej i relaksacji .
Zajęcia polega na prowadzeniu ćwiczeń rytmizujących, aktywizujących i relaksacyjnych, stymulowanych odpowiednio dobranymi utworami muzycznymi. Muzyka mobilizuje do ruchu, pozwala odreagować napięcia, uspokaja i odpręża, ale także relaksuje i zachęca do odpoczynku. Ćwiczenia te sprzyjają integracji i nawiązaniu lepszego kontaktu z rówieśnikami, dzięki czemu muzykoterapia pełni funkcję terapeutyczną.